Navigation auf uzh.ch
Navigation auf uzh.ch
Liebe Angehörige des Psychologischen Instituts
Der dritte Newsletter der Open Science AG am Psychologischen Institut verspricht wieder spannende Lektüre zum Thema Open Science. Ein Schwerpunkt in diesem Newsletter ist das Paket “checkpoint” zur langfristigen Reproduzierbarkeit von R Code. Ausserdem weisen wir auf die Gewinner*innen der Open Science Preise, den von der Open Science Initiative ausgerichteten Workshop, sowie bevorstehende Veranstaltungen hin.
Fragen, Anregungen und Beiträge zu diesem Newsletter nehmen wir gerne entgegen unter openscience@psychologie.uzh.ch. Der nächste Newsletter wird Anfang des FS23 erscheinen.
Herzliche Grüsse
Ihre Open Science Initiative
Gastbeitrag von Henrik Singmann (Ehemaliges Mitglied der Open Science AG)
Ein wichtiger Aspekt von Open Science ist die Reproduzierbarkeit von Auswertungen: Unter „Open Code“ versteht man das Veröffentlichen und Teilen der Analyseskripte, die sowohl zur Datenvorbereitung als auch Datenanalyse erstellt wurden. Eine Möglichkeit, die Zugänglichkeit und Nutzbarkeit dieser Analyseskripte zu erhöhen, ist das Verwenden von Open-Source Software, wie etwa der statistischen Programmiersprache R. Open Data und Open Code für Open-Source Software erlauben jedem, die Ergebnisse einer Analyse zu reproduzieren.
Ein potentielles Problem der Reproduzierbarkeit von Analysen mit Open Code (das auch für Open-Source Software gilt) ist die ständige Weiterentwicklung von Software. Ein Skript, das mit einer bestimmte Softwareversion entwickelt wurde, funktioniert möglicherweise nicht mehr mit einer neueren Version. In R benutzen Analyseskripte beispielsweise häufig Funktionen aus unterschiedlichen R-Paketen, also Zusatzsoftware, welche in der Regel von Wissenschaftler*innen entwickelt wird. Wenn solche Pakete aktualisiert werden, kann es passieren, dass Code basierend auf älteren Paket-Versionen nicht mehr funktioniert. Eine wichtige Frage für Open Science ist daher, wie man die Reproduzierbarkeit von Open Code langfristig sicherstellen kann.
Eine Lösung für dieses Problem für R bietet das Paket checkpoint (https://cran.r-project.org/package=checkpoint), welches von Revolution Analytics (einer Firma, die zu Microsoft gehört) entwickelt wurde. Das Konzept hinter checkpoint ist die Verwendung von R-Paketen an einem beliebig ausgewählten Stichtag. Wer ein Analyseskript, welches checkpoint verwendet, ausführt, benutzt diejenigen Paket-Versionen, die an diesem Stichtag aktuell waren. Das funktioniert dadurch, dass Microsoft ein tägliches Archiv von CRAN, der zentralen Softwarebibliothek von R, pflegt (https://mran.microsoft.com/timemachine). checkpoint greift auf dieses Archiv zu und kann dadurch die Softwareversionen zu jedem beliebigen Stichtag anbieten. Die Verwendung von checkpoint ist dabei denkbar einfach, denn man muss nur das Paket laden und den Stichtag definieren – alles Andere funktioniert dann automatisch.
Zum Beispiel arbeite ich aktuell an einem Analyseskript, mit welchem ich am 10. April 2022 begonnen habe – der Beginn des R-Skripts sieht dann folgendermassen aus:
library("checkpoint")
checkpoint("2022-04-10")
Dieser Code führt dazu, dass checkpoint geladen und der Stichtag auf den 10. April 2022 gesetzt wird. Wird dieses Skript zum ersten Mal an einem Computer ausgeführt, durchsucht checkpoint die R-Skripte im aktuellen Arbeitsverzeichnis nach Softwarepaketen und installiert ggf. die jeweiligen Versionen des definierten Stichtags. Je nach Anzahl der Pakete, kann das durchaus etwas dauern. Wenn man das Skript ein weiteres Mal ausführt, entfällt dieser Schritt allerdings und man kann sofort mit der Arbeit beginnen. Für die Dauer einer aktuellen R-Sitzung werden nur diejenigen Softwareversionen von dem Stichtag verwendet. Was also einmal mit diesen Softwareversionen läuft, wird auch in Zukunft damit laufen. Das Verwenden von checkpoint erhöht die Reproduzierbarkeit von Analyseskripten in R langfristig und eliminiert somit eine Quelle der Unsicherheit.
Weitere Informationen zu checkpoint für R und Reproduzierbarkeit finden Sie hier:
https://cran.r-project.org/package=checkpoint/vignettes/checkpoint.html
https://mran.microsoft.com/documents/rro/reproducibility
Die Open Science AG hat nun zum dritten Mal Preise für die vorbildliche Umsetzung von Open Science Praktiken vergeben. Im Rahmen der 125-Jahre-PSYCH-Feier am 23. September 2022 wurden die Preisträger*innen diesmal vor grossem Publikum in der Aula der UZH geehrt. Wir bedanken uns ganz besonders bei den Sponsoren UFSP Dynamik gesunden Alterns und psych alumni für die erneute finanzielle Unterstützung!
In der Kategorie ExPra ging der Open Science Preis 2022 (gestiftet von psych alumni) an die ExPra-Gruppe von Alina Gopurathingal, Elena Wahrenberger, Leonie Spring, Lara Kirchhofer und Xenia Sticher (Betreuung: M.Sc. Zita Mayer, Professur Entwicklungspsychologie: Erwachsenenalter) für ihren ExPra-Bericht mit dem Titel „Experimentelle Untersuchung emotionaler Konsequenzen bei Zielkonflikten: Bedauern – Was wird mehr bedauert, das Pausieren oder das Aufgeben von konfligierenden Zielen?“ sowie an die ExPra-Gruppe von Noah Aydemir, Dominique Eichenberger, Kimberly Geisnæs, Darleen Hunziker und Larissa Leuenberger (Betreuung: M.Sc. Zita Mayer) für ihren ExPra-Bericht mit dem Titel „Konflikterleben: Wie beeinflusst das Aufgeben bzw. Pausieren von konfligierenden Zielen das Konflikterleben?“.
In der Kategorie Masterarbeit ging der Open Science Preis 2022 (gestiftet von psych alumni) an M.Sc. Simona Ammann (Professur Entwicklungspsychologie: Säuglings- und Kindesalter) für ihre Masterarbeit mit dem Titel "Exploring the impacts of the COVID-19 pandemic on children’s development: Does the sustained seeing of others wearing facial masks influence emotion recognition in preschoolers?“.
In der Kategorie Paper von Doktorierenden ging der Open Science Preis 2022 (gestiftet vom UFSP Dynamik gesunden Alterns) an Dr. Charlotte Kukowski (Professur Allgemeine Psychologie: Motivation) für ihre Publikation mit dem Titel "Self-Control and Beliefs Surrounding Others’ Cooperation Predict Own Health-Protective Behaviors and Support for COVID-19 Government Regulations: Evidence From Two European Countries“, https://doi.org/10.32872/spb.4391.
In der Kategorie Paper von Postdoktorierenden ging der Open Science Preis 2022 (gestiftet vom UFSP Dynamik gesunden Alterns) an Dr. Lea Bartsch (Professur Allgemeine Psychologie: Kognition) für ihre Publikation mit dem Titel "Freeing Capacity in Working Memory (WM) Through the Use of Long-Term Memory (LTM) Representations“, https://doi.org/10.1037/xlm0001024, preprint: https://doi.org/10.31234/osf.io/hj4rv.
Übrigens: Neu können Bewerbungen für den Open Science Preis jederzeit eingereicht werden. Stichtag für die Berücksichtigung beim Open Science Preis 2023 ist der 31. Januar 2023.
https://www.psychologie.uzh.ch/de/dienstleistungen/open-science/Open-Science-Preis.html
Im Rahmen der 17. Konferenz der Schweizerischen Gesellschaft für Psychologie (SGP) hat die Open Science Initiative einen Workshop zum Thema “Sound Science in the Era of Open Science: On Existential Problems and Promising Solutions” unter Verantwortung von Martin Götz und André Kretzschmar angeboten. 15 Personen unterschiedlichen akademischen Alters haben an dem vierstündigen Workshop teilgenommen, bei dem es unter anderem um (1) den aktuellen Stand des akademischen Kommunikations-/Publikationssystems, (2) diverse offensichtliche Missstände in diesem (z.B. replication, reproducibility, availability, questionable research/reporting practices), (3) das entsprechende Verbesserungspotential durch Anwendung von Open Science (z.B. preregistration, registered reports, open materials, open data, open code, open access) sowie (4) konkrete Anwendungsbeispiele ging. Während des Workshops ist kein*e Teilnehmer*in weggelaufen, so dass die beiden Verantwortlichen von einem erfolgreichen Sonntagnachmittag ausgehen.
Dieser Newsletter erscheint einmal pro Semester. Kontakt bei Rückfragen zum Newsletter: openscience@psychologie.uzh.ch
Weil dieser Newsletter nur einmal pro Semester erscheint, können wir nicht auf kurzfristig anberaumte Veranstaltungen hinweisen. Wir empfehlen das Abonnement der Mailingliste des Center for Reproducible Science der UZH, um über Angebote zur Weiterbildung und zum wissenschaftlichen Austausch über Open Science an der UZH auf dem Laufenden zu sein, wie z.B. der ReproducibiliTea Journal Club.
Derzeitige Mitglieder der Open Science Arbeitsgruppe
Prof. Dr. Johannes Ullrich (Leitung); Dr. Walter Bierbauer; Prof. Dr. Renato Frey; Dr. Martin Götz; Dr. Sebastian Horn; Dr. André Kretzschmar; Prof. Dr. Nicolas Langer; M.Sc. Zita Mayer Dr. Susan Mérillat; Lic.-Phil. Jörg Schlatter; Prof. Dr. Carolin Strobl; Dr. Lisa Wagner; Dr. Katharina Weitkamp
